Współczesna idea kliniczna choroby afektywnej dwubiegunowej (ChAD) została ukształtowana jako pokłosie pomysłu Emila Kraepelina nazwanego „manisch-depressives Irresein” sformułowanego w 1899 roku, z istotnymi modyfikacjami w ciągu ostatniego półwiecza. Obecny paradygmat etiopatogenetyczny ChAD postuluje pojawienie się choroby w wyniku interakcji czynników genetycznych i epigenetycznych z wpływami środowiskowymi. Największe znaczenie dla genetyki molekularnej ChAD miała analiza tzw. genów kandydujących oraz badania asocjacji całego genomu (genome-wide association studies – GWAS). Profil genetyczny ChAD zawiera wiele genów predyspozycji do innych zaburzeń psychicznych. Zaburzenia epigenetyczne stanowią mechanizm pośredniczący dla wpływu czynników środowiskowych we wczesnym okresie życia. Niektóre koncepcje neurobiologiczne ChAD mają genezę farmakologiczną wynikającą z mechanizmów działania stosowanych leków. Należą do nich teorie: katecholaminowa, zaburzeń transportu kationów i purynergiczna. Koncepcje takie, jak zaburzenia neuroplastyczności, teoria „zapalna” oraz dysfunkcja osi stresowej, powstały jako ekstrapolacja początkowych hipotez patogenetycznych depresji. Nowe teorie patogenetyczne związane z ChAD dotyczą zaburzeń rytmów biologicznych oraz dysfunkcji mitochondriow i stresu oksydacyjnego. W ChAD występują nieprawidłowości w zakresie czynności struktur mózgu, zwłaszcza tzw. przedniej sieci limbicznej. Patogenetyczne wpływy środowiskowe w ChAD obejmują czynniki działające w ciąży, traumę wczesnodziecięcą i wydarzenia stresowe późniejszego okresu życia, a także uwarunkowania sezonowe i klimatyczne. Zarówno patogeneza, jak i przebieg ChAD ujmowane są obecnie w kontekście rozwojowym czego wyrazem są koncepcje etapów przebiegu (stagingu) tej choroby.