W artykule omówiono rozwój teorii psychoanalitycznej w kierunku poszerzenia refleksji nad własną koncepcją w oparciu o dane pochodzące z badań empirycznych innych niż kliniczne studium przypadku. Na szczególną uwagę zasługuje zbliżenie jakie nastąpiło pomiędzy neuronauką a psychoanalizą i powstanie tzw. neuropsychoanalizy. W konsekwencji doprowadziło to do wysunięcia empirycznych hipotez i rozpoczęcia badań nad mechanizmami obronnymi, self, pamięcią, marzeniami sennymi, empatią oraz procesami nieświadomymi (dynamiczną nieświadomością) czy procesami emocjonalno-motywacyjnymi (teorią popędów). Aktualnie neuropsychoanaliza ukonstytuowała się jako dyscyplina pomieszczająca w sobie trzy oddzielne dziedziny: neuronaukę psychodynamiczną badającą biologiczne mechanizmy procesów wewnętrzpsychicznych i intersubiektywnych, kliniczną neuropsychoanalizę opierającą się na pracy z pacjentami neurologicznymi z wykorzystaniem wiedzy psychodynamicznej oraz budowanie teorii, a więc poszukiwanie neuropsychoanalitycznych modeli funkcjonowania umysłu. W artykule opisano podstawy teorii systemów emocjonalnych Jaaka Pankseppa jako przykład koncepcji integrującej neurobiologię afektu, biologię behawioralną, psychologię ewolucyjną i psychoanalizę. Teoria systemów emocjonalnych, której częścią jest opis układu SEEKING stanowiącego podstawowy system motywacyjny organizmu, daje szansę nowego spojrzenia na teorię S. Freuda, ale także oferuje możliwość uwzględnienia systemów emocjonalno-motywacyjnych w rozumieniu zaburzeń psychicznych takich jak depresja, uzależnienia czy psychozy, co jest podstawą myślenia psychoanalitycznego.